黑龙江省农业科学院牡丹江分院成立于1958年，现有在职职工91人，其中具有正高级职称13人，副高级职称25人，中级职称的33人。具有博士学位3人、在读博士研究生5人，硕士58人。占地面积148公顷，其中试验地面积100公顷。
分院设有行政办公室、党务办公室、科研科、财务科、等四个职能部门和水稻研究所、大豆研究所、食用菌研究所、果树研究所、蜜蜂研究所、经济作物研究所、玉米研究所、土壤生化研究所等八个研究单位。主要职责任务是：承担我省东南部山地丘陵区农业可持续发展研究；承担本区农作物和食用菌等种质资源收集、鉴定、创新和品种选育研究；承担耕作栽培、施肥技术、耕地质量提升技术等研究；承担作物病虫草害测报防控技术、蜜蜂繁育技术等研究；承担果品、食用菌、蜂产品、中药材加工技术研究；承担农业基础性长期性科研数据观测监测任务。
近年来，分院承担了国家现代农业产业技术体系的水稻、蜜蜂、食用菌和苹果四个综合试验站、国家大豆改良中心牡丹江试验站、中国科学院大豆分子设计育种重点实验室牡丹江试验站、寒地食用菌星创天地、寒地果树产业星创天地、黑龙江省特色农业产业服务创新中心、中国农民大学牡丹江学院、国家优质水稻原原种繁育基地等11个国家级科研服务平台和黑龙江省果树工程技术研究中心、寒地果树育种栽培重点实验室、寒地果树研究开发及生产中试基地、牡丹江温春省级农业科技园区、黑龙江省农科院博士后流动站牡丹江分站、黑龙江省大豆产业技术协同创新体系岗位专家、黑龙江省玉米产业技术协同创新体系牡丹江试验站、黑龙江省水稻产业技术协同创新体系东南部水稻综合试验站、黑龙江省马铃薯现代农业产业技术协同创新体系牡丹江综合试验站、黑龙江省经济作物产业技术体系食用菌综合试验站、食用菌栽培标准化示范园区、黑龙江省农业科学院现代农业院士工作站12个省级科研服务平台的建设任务。通过平台建设，与南京农业大学、中国科学院、中国农科院等20多家大学和科研院所建立了长期合作关系，实现共赢发展。并与黑龙江农业经济职业学院、省水田机械科研所、省烟草科研所、省林副特产研究所、黑龙江省牡丹江林业科学研究所、牡丹江市蔬菜科研所和黑龙江水产研究所渤海冷水性鱼试验站8家科研与教学单位联合成立了牡丹江市农科院,有力推动了农业科研与教学单位的资源共享和融合发展，开创了我院与地方政府密切的新局面。
建院以来，紧紧围绕区域农业发展需求，区域农业、农村经济发展和现代农业发展需要，积极开展应用技术研究、试验示范、技术咨询和技术服务等工作，尤其在新品种选育农艺技术改进、先进成果集成熟化和推广应用等方面，为区域农业增效、农民增收作出了重要贡献。
经过60年的发展建设，我院已发展成为黑龙江省东南部专业齐全、设施完备、人才济济、对外开放的综合性农业科研单位。“八五”以来，承担国家省市各类科研项目共310项，其中国家“973”项目1项，国家“863”项目4项，国家成果转化资金及自然基金等项目12项，与美国、俄罗斯、日本、朝鲜、韩国等十多个国家的大专院校保持科技合作与交流，承担国际合作专项12项。1978年以来，获各级成果奖励215项，“水稻育苗壮秧剂研制与推广应用”获得“省长特别奖”，《中国蜜粉源植物》获第33届国际蜜蜂大会金奖，“抗寒优质耐贮李新品种牡丰李选育与推广”、“食用菌优良品种选育及标准化栽培技术研究与应用”等9个成果获得省科技进步二等奖。1982年（六五）以来，共审定各类作物品种99个，其中水稻品种—牡丹江19、牡丹江28、牡丹江35，玉米品种—牡单9、牡单10、牡单13，大豆品种—牡豆8、牡豆9 、牡豆10，果树品种—龙冠苹果、龙丰苹果、金香水梨、矮甜李、牡红杏、丹江黑黑穗醋栗，食用菌品种—牡耳1号黑木耳，晒烟品种—龙烟6号、龙烟7号等品种在生产中广泛应用。作物新品种、自主研制的各种农化产品在全省和全国适宜区域累计推广面积达5.5亿多亩，科研成果累计创社会效益300多亿元，对农业增效、农民增收、起了巨大推动作用。
我院既有包括水稻、玉米、大豆等大田学科，又有适合牡丹江农业发展的食用菌、蜜蜂、果树、晒烟等特色学科。
我院拥有农业部在黑龙江省设立的唯一一个国家食用菌产业技术体系牡丹江试验站以及牡丹江市食（药）用菌专业领军人才梯队，先后选育的“牡耳1号”、“牡耳2号”、“牡育猴头1号”、“牡滑1号”（滑子菇新品种）、“牡元1号”（元蘑新品种）等5个省审食用菌优良品种和筛选的适宜菌株在主产区大面积推广应用，累计应用10亿袋以上，食用菌精准化栽培、替代料、棚室立体吊袋、水稻育秧大棚二次利用、菌渣二次出菇等新技术累计应用20亿袋，创造了经济效益40多亿元。仁果学科先后培育了二十余个适合牡丹江地区种植果树品种，其中龙丰苹果、金香水梨和东宁五号梨是牡市目前果树种植的主栽品种，果品以其口感佳、品质好、耐储藏、耐寒等优点得到区域果农和市民的青睐。蜜蜂学科在区域内大力推广了规模化养蜂技术、蜂王浆免移虫技术，使得人均饲养量由不足50群提高到人均饲养150群以上，基地养蜂户年收入突破20万元以上。
我院现拥有丰富的适合区域积温带生产的优质高产的大豆和水稻资源。近年来，大豆团队先后主持育成和推广大豆新品种12个，所选育品种（系）在黑龙江省Ⅱ积温区、吉林省东部山区及内蒙古等适宜区域的推广面积正呈稳步递增趋势。培育的牡字号（牡丰7和牡豆8号、牡豆9号、牡豆10号）系列品种已经成为黑龙江省第二积温带和吉林省东南部地区大豆生产的主栽品种。水稻团队育成的“牡丹江号”系列水稻品种为区域乃至黑龙江省的水稻发展做出了重大贡献，1975年育成我国第一个花培品种牡花1号，开创了中国水稻花培育种的先河。其中牡丹江17是黑龙江省的高产水稻品种，牡丹江19被评选为黑龙江省优质米品种，牡丹江19、牡丹江26、牡丹江27、牡丹江28、牡丹江29等新品种累计推广面积达1931.2多万亩。“牡丹江号”水稻品种，以其高产、优质、抗病性好、适应性广等特点，深受广大稻农的喜爱，在省内外得到了广泛种植。
十二五以来，牡丹江分院深入开展和组织了“科技特派员农村科技创业行动”、“博士后龙江科技行”等活动。组织相关专业的科技人员于海林、穆棱、东宁、宁安、双城、富锦等20个市县镇村通过建立示范基地、开展合作项目、制定发展规划等措施深入开展合作共建。
此外，牡丹江分院还先后派出6人次到东宁、安达等市（县）挂职科技副市（县）长，圆满完成了科技共建任务，为当地农业发展注入了强劲动力，有力助推当地农业发展。
用现代科学技术改造农业，用现代产业体系提升农业，用现代发展理念引领农业，用培养新型农民发展农业，是牡丹江分院的历史使命和职责。我院全体员工正秣马厉兵，突出优势学科，加强特设学科，发展新兴学科，为牡丹江地区、为全省农业增效、农村发展、农民增收作出新的贡献。
