黑龙江省农业科学院牡丹江分院成立于1958年，是省属一类事业单位，坐落于牡丹江市高新技术产业园区。现有在职职工76人(干部75人)，其中具有正高级职称11人，副高级职称26人，中级职称的32人。博士学位5人，在读博士2人，硕士57人。省高层次人才（D类）3人，大宗果树产业技术协同创新推广体系首席专家1人。省市两级“两代表一委员”3人。占地面积148公顷，其中试验地面积100公顷。
分院设有职能部门四个：行政办公室、党务办公室、科研科、财务科，研究部门八个：水稻研究所、大豆研究所、食用菌研究所、果树研究所、蜜蜂研究所、经济作物研究所、玉米研究所、土壤生化研究所。
主要职责任务：承担我省东南部山地丘陵区农业可持续发展研究，区域农作物和食用菌种质资源收集、鉴定、创新和品种选育研究，耕作栽培、施肥技术、耕地质量提升技术研究，作物病虫草害测报防控技术、蜜蜂繁育技术研究，果品、食用菌、蜂产品、中药材加工技术研究以及农业基础性长期性科研数据观测监测任务等。
承担平台建设任务：
国家农业微生物伊春观测实验站、
国家农业科学牡丹江观测实验站、
国家水稻产业技术体系牡丹江综合试验站、
国家苹果产业技术体系东北寒地综合试验站、
国家蜂产业技术体系牡丹江综合试验站、
国家食用菌产业技术体系牡丹江综合试验站、
国家大豆产业技术体系牡丹江综合试验站、
国家大豆改良中心牡丹江试验站、
中国科学院大豆分子设计育种重点实验室牡丹江试验站、
寒地食用菌星创天地、
寒地果树产业星创天地、
中国农民大学牡丹江学院、
国家优质水稻原原种繁育基地、
黑龙江省果树技术创新中心（工程技术研究中心）、
寒地果树育种栽培重点实验室、
寒地果树研究开发及生产中试基地、
牡丹江温春省级农业科技园区、
黑龙江省农科院博士后流动站牡丹江分站、
黑龙江省现代农业产业技术协同创新推广体系相关岗位及科技示范园、
黑龙江省含硫氨基酸大豆育种工程技术研究中心、
食用菌栽培标准化示范园区、
牡丹江大豆研发中心、
黑龙江省中国科学院傅向东水稻资源研究工作室、
黑龙江省中国科学院田志喜大豆资源研究工作室、
黑龙江省牡丹江食药用菌种质资源野外科学观测研究站、
牡丹江寒地果树专家工作室、
黑木耳牡丹江实验室。
通过平台建设，与南京农业大学、中国科学院、中国农科院等20多家大学和科研院所建立了长期合作关系，实现共赢发展。
建院以来，我院紧紧围绕区域农业发展需求，区域农业、农村经济发展和现代农业发展需要，积极开展应用技术研究、试验示范、技术咨询和技术服务等工作，尤其在新品种选育、农艺技术改进、先进成果集成熟化和推广应用等方面，为区域农业发展提供科技支撑。“八五”以来，承担国家省市各类科研项目共380项，其中国家“973”项目1项，国家“863”项目4项，国家成果转化资金及自然基金等项目12项，与美国、俄罗斯、日本、朝鲜、韩国等十多个国家的大专院校和科研单位保持科技合作与交流，承担国际合作专项12项。1978年以来，获各级成果奖励215项，“水稻育苗壮秧剂研制与推广应用”获得“省长特别奖”，《中国蜜粉源植物》获第33届国际蜜蜂大会金奖，“抗寒优质耐贮李新品种牡丰李选育与推广”、“食用菌优良品种选育及标准化栽培技术研究与应用”等9个成果获得省科技进步二等奖，参与申报的“食用菌全产业链关键技术创新及应用”项目荣获国家科学技术进步奖一等奖（分院排行第四，王延锋个人排行第十一），这是建国以来食用菌行业第一个国家科技进步一等奖。1982年（六五）以来，共审定（登记）各类作物品种112个，其中水稻品种—牡丹江19、牡丹江28、牡丹江35，玉米品种—牡单9、牡单10、牡单13，大豆品种—牡豆8、牡豆9 、牡豆10，果树品种—龙冠苹果、龙丰苹果、金香水梨、矮甜李、牡红杏、丹江黑黑穗醋栗，食用菌品种—牡耳1号黑木耳，晒烟品种—龙烟6号、龙烟7号等品种在生产中广泛应用。作物新品种、自主研制的各种农化产品在全省和全国适宜区域累计推广面积达5.5亿多亩，科研成果累计创社会效益300多亿元。
我院既有水稻、玉米、大豆等大田作物学科，又有食用菌、蜜蜂、果树、晒烟、马铃薯、中草药等特色学科。
水稻团队育成的水稻品种为区域乃至我省的水稻发展做出了积极贡献，1975年育成我国第一个花培品种“牡花1号”，开创了中国水稻花培育种的先河，1978年获第一届中国科技大会奖。牡丹江19是黑龙江省第一个优质米品种。“牡字号”水稻品种，以其高产、优质、抗病性好、适应性广等特点，深受广大稻农的喜爱，在省内外广泛种植。牡丹江19、牡丹江26、牡丹江27、牡丹江28、牡丹江29、牡丹江35等新品种累计推广面积达1931.2多万亩。
大豆团队育成大豆新品种26个，在黑龙江省二积温区、吉林省东部山区及内蒙古等适宜区域的推广面积正呈稳步递增趋势。牡字号（牡丰7和牡豆8号、牡豆9号、牡豆10号）系列品种成为黑龙江省第二积温带和吉林省东南部地区大豆主栽品种；与中国科学院东北地理与农业生态研究所合作培育的东生79，平均脂肪含量为24.16%，名列全省485个大豆品种首位；牡豆15和牡试6号平均蛋白质含量分别达到45.18%和45.99%，在我省高蛋白育种中处于领先水平。牡豆69在854农场百亩示范中以亩产280.6公斤（较2023年平均亩产提升58.8%）成功入选全国农技中心2024 年大豆清种春播模式大面积高产典型案例。
食用菌团队承担国家食用菌产业技术体系牡丹江试验站和牡丹江市食（药）用菌专业领军人才梯队工作，选育的“牡耳1号”、“牡耳2号”、“牡育猴头1号”、“牡滑1号”（滑子菇新品种）、“牡元1号”（元蘑新品种）等食用菌优良品种和筛选的适宜菌株在主产区大面积推广应用，累计应用10亿袋以上（“牡耳1号”、“牡耳2号”黑木耳是东宁、海林等主产区的主栽品种，“牡育猴头1号”是海林猴头菇地理标志产品指定品种，“牡元08”是磨刀石元蘑主产区的主导品种）。食用菌精准化栽培、替代料、棚室立体吊袋、水稻育秧大棚二次利用、菌渣二次出菇等新技术累计应用20亿袋，创造社会效益40多亿元。
果树团队培育24个寒地果树品种，其中龙丰苹果、金香水梨和东宁五号梨是主栽品种，果品以其口感佳、品质好、耐储藏、耐寒等优点得到区域果农和市民的青睐。龙丰苹果是黑龙江省第一个国审果树品种，2019年，“牡丹江龙丰苹果”通过国家农产品地理标志登记，我院是黑龙江首个以科研单位为主体申请国家农产品地理标志登记保护单位。
我院是全省唯一从事蜜蜂研究单位，蜜蜂团队在全省推广多箱体规模化养蜂技术、蜂王浆免移虫技术和蜂螨生物防控技术等，使得人均饲养量由不足50群提高到人均饲养150群以上，养蜂户年收入突破20万元以上。
十二五以来，我院深入开展“科技特派员农村科技创业行动”、“博士后龙江科技行”等活动。组织相关专业的科技人员在海林、穆棱、东宁、宁安、双城、富锦等20个市县镇村通过建立示范基地、开展合作项目、制定发展规划等措施深入开展服务工作。
此外，我院先后派出7人次到克山、东宁、安达、宁安、饶河、泰来等市（县）挂职科技副市（县）长，开展科技合作共建工作，为当地农业发展注入了强劲动力，有力助推当地农业发展。
用现代科学技术改造农业，用现代产业体系提升农业，用现代发展理念引领农业，用培养新型农民发展农业，牡丹江农科人以对国家、对人民高度负责的态度，争当农业现代化建设排头兵，为我省乡村振兴和农业产业高质量发展提供强力科技支撑。
