目前牡丹江分院拥有科研创新平台共计22个，其中包括国家级科研平台10个，包括：“国家水稻产业技术体系牡丹江综合试验站”、“国家苹果产业技术体系东北寒地综合试验站”、“国家蜂产业技术体系牡丹江综合试验站” 、“国家食用菌产业技术体系牡丹江综合试验站”、 “国家大豆改良中心牡丹江试验站”、 “中国农民大学牡丹江学院”、 “国家优质水稻原原种繁育基地”、 “中国科学院大豆分子设计育种重点实验室牡丹江试验站”、 “寒地食用菌星创天地”、 “寒地果树产业星创天地”。省级科研平台12个，包括：“黑龙江省果树工程技术研究中心”、 “寒地果树育种栽培重点实验室”、 “寒地果树研究开发及生产中试基地”、 “牡丹江温春省级农业科技园区”、 “黑龙江省农科院博士后流动站牡丹江分站”、 “黑龙江省大豆产业技术协同创新体系岗位专家”、 “黑龙江省玉米产业技术协同创新体系牡丹江试验站”、 “黑龙江省水稻产业技术协同创新体系东南部水稻综合试验站”、 “黑龙江省马铃薯现代农业产业技术协同创新体系牡丹江综合试验站”、 “食用菌栽培标准化示范园区”、 “黑龙江省农业科学院现代农业院士工作站”、 “黑龙江省食用菌试验站”。 二、机构设置和人员情况： 牡丹江分院设有行政办公室、党务办公室、科研科、财务科四个职能部门和水稻研究所、大豆研究所、食用菌研究所、蜜蜂研究所、经济作物研究所、果树研究所、玉米研究所、土壤生化研究所等八个研究单位。 现有在职职工92人，其中具有正高级职称12人，副高级职称16人，中级职称的39人。具有博士学位3人、在读博士研究生4人，硕士53人。占地面积148公顷，其中试验地面积100公顷。 三、科研设施： 牡丹江分院目前的地址在牡丹江市江南经济开发区，设有办公楼1栋，面积为3000平方米。原牡丹江分院在牡丹江市西安区温春镇的建址为试验基地，继续保持原有的科研任务和职能。试验基地拥有办公楼1栋，温室3000平方米，网室22000平方米，仓库3000平方米，晒场5000平方米，马铃薯窖2500平方米，拥有先进的科研仪器300余台套，农机具80余台套。