食用菌研究所主要开展黑木耳、滑子蘑、猴头菇、灵芝、大球盖菇等食(药)用菌的遗传育种、标准化栽培技术研究、产品保鲜精深加工、菌渣综合利用以及产业技术指导、野生资源采集驯化工作。是农业部在黑龙江省设立的唯一一个集技术集成、试验示范、科技服务于一体的食用菌产业技术体系综合试验站，黑龙江省首批通过科技部备案的国家级“寒地食用菌星创天地"，黑龙江省级食用菌栽培综合标准化示范区，中国菌物学会木耳类产业分会副秘书长单位，黑龙江省食用菌专业标准化技术委员会牡丹江分委会秘书长单位，黑龙江省及牡丹江市食用菌协会副会长单位，国家黑木耳产业技术创新战略联盟理事单位。学科梯队是黑龙江省农科院食用菌育种专业学科梯队，牡丹江市领军人才食(药)用菌专业学科梯队，现有专业技术人员9人，其中研究员1人，副研究员1人，助理研究员6人，博士1人，硕士7人。 近五年来，主持承担国家公益性行业专项、国家星火计划重点项目、国家外专局引智项目等20余项，参加国家自然基金等课题7项。获得黑龙江省政府科技进步二等奖、黑龙江省农业科技进步一等奖、牡丹江市科技进步一等奖等奖项13个;发表学术论文40余篇，其中被SCI收录3篇; 撰写“黑木耳栽培实操技术图解"、“猴头菇种植能手谈经"专著2部;主持制定食用菌地方标准11个;选育出省审食用菌新品种5个;获得授权国家发明专利3项、实用新型专利2项;制作“小木耳、大产业”科普动漫1部。