经济作物研究所主要从事晒烟、马铃薯、工业大麻等经济作物新品种选育与栽培技术研究工作，团队现有科研人员6人，全部为硕士，其中高级职称4人，中级职称1人，初级职称1人。是黑龙江省唯一的晒烟研究单位，共选育出晒烟新品种9个，其中2个为雄性不育杂交种。是黑龙江省东南部开展马铃薯育种与栽培技术研究的唯一省级农业科研单位，登记不同类型马铃薯新品种3个。主持制定牡丹江市地方标准6个。先后承担国家、省、市等各级科研项目50余项，有13项科研成果获奖，其中国家科技进步三等奖1项（参加）、国家烟草专卖局科技进步三等奖1项（参加）、省科技进步三等奖3项，省农业科技进步一等奖1项，二等奖1项。基础设施建设比较完善，拥有日光节能温室、防虫网室、马铃薯资源贮藏窖、组织培养室及相关组培设备等科研及生产设施。